1. 이직한 경우 연말정산이 안 되는 이유
1년 동안 두 곳 이상의 회사에서 일한 경우, 회사별로 각각 연말정산을 진행하게 됩니다. A회사는 1~4월, B회사는 5~12월 근무했다고 가정하면, 각 회사는 자체적으로 그 기간만 계산해서 연말정산을 처리합니다.

하지만 국세청 입장에서는 해당 연도 전체 소득을 기준으로 과세 여부를 판단하므로, 두 회사의 합산 소득에 대한 정산이 누락될 수 있습니다. 이럴 경우 종합소득세를 별도로 신고해야 하는 상황이 생깁니다.
2. A사·B사 각각의 근무기간 소득 처리 방법
이직자의 경우 A회사(전 직장)와 B회사(현 직장) 모두에서 소득이 발생했기 때문에 두 개의 원천징수영수증을 발급
받아야 합니다. 이 영수증은 해당 회사가 귀하에게 연말정산 자료로 제공하는 공식 문서입니다.
전 직장에서 연말정산을 하지 않은 경우, 해당 기간의 소득은 종합소득세 신고 시 직접 합산해 신고해야 하며,
두 회사 모두에서 연말정산이 되었더라도 국세청 기준으로는 합산이 안 되므로 정산이 필요합니다.- ✅ A사에서 퇴사 시 연말정산을 못 했다면, 그 소득은 신고 누락 대상이 될 수 있음
- ✅ B사에서 연말정산을 했더라도, A사 수입까지 반영되지 않으면 합산소득에 차이가 발생
따라서 두 회사 모두의 원천징수영수증을 확보한 후, 종합소득세 기간(매년 5월)에 홈택스를 통해 직접 신고하는 것이 가장 안전하고 정확한 방법입니다.
3. 종합소득세 신고로 해결하는 법
홈택스를 이용하면 두 회사에서 발생한 급여 내역을 전자 신고로 간편하게 합산 할 수 있습니다. 아래 절차를 따라 해보세요:
- 홈택스 접속 후 로그인
- 신고/납부 → 종합소득세 → 정기신고
- ‘근로소득’ 항목에 A사, B사 각각의 소득 입력
- 공제 항목 확인 및 수정 입력
- 예상세액 확인 → 신고 제출
홈택스는 최근 미리채움 기능을 통해 국세청에서 보유한 데이터를 자동 불러오기도 하므로, 대부분의 이직자는 별도 자료 입력 없이 확인만으로도 신고가 가능합니다.
4. 자주 묻는 질문 (Q&A)
Q1. 두 회사 모두에서 연말정산 했는데 또 신고해야 하나요?
네, 두 회사에서 각각 연말정산했더라도 합산 소득 기준으로 추가 세금이 발생할 수 있어 종합소득세 신고가 필요할 수 있습니다.
Q2. 원천징수영수증은 어디서 받나요?
각 회사 인사팀 또는 홈택스 ‘지급명세서’에서 확인할 수 있습니다.
Q3. 전 회사에서 연말정산 안 했으면 어떻게 하나요?
그 소득을 종합소득세 신고 시 직접 입력하면 됩니다. 원천징수영수증 필수!
Q4. 홈택스 미리채움 서비스는 무엇인가요?
국세청이 보유한 급여·공제 내역을 자동으로 불러와주는 기능입니다.
Q5. 이직자도 세금 환급 받을 수 있나요?
네, 두 회사에서 과다공제된 경우 환급받을 수 있습니다.
Q6. 연말정산 후 종합소득세 신고까지 했더니 세금이 더 나왔어요
합산소득이 증가하면 누진세율에 의해 추가세액이 발생할 수 있습니다.
Q7. 두 회사에서 받은 실비 지원금도 포함되나요?
과세 대상 실비(현금성 복리후생)는 근로소득에 포함될 수 있습니다. 명세서를 확인하세요.
Q8. 홈택스로 신고하면 세무서 방문 안 해도 되나요?
네, 전자신고는 세무서 방문 없이 온라인으로 끝낼 수 있어요.
Q9. 종합소득세 신고 안 하면 어떻게 되나요?
무신고 가산세(20%) + 납부지연 가산세(연 7.3%)가 부과될 수 있습니다.
Q10. 신고 후 정정도 가능한가요?
네. 신고 후 오류를 발견했다면 홈택스에서 ‘수정신고’가 가능합니다.
5. 결론: 이직자라면 꼭 체크하세요
1년 동안 회사가 바뀌었다면, 내 소득도 분산되어 신고가 누락될 가능성이 있습니다. 두 회사에서 각각 연말정산을 해도
합산 기준으로 보는 국세청 과세 체계에서는 추가 정산이 필요한 경우가 대부분입니다.홈택스를 통한 종합소득세 신고만으로 이 문제는 간단히 해결됩니다. 원천징수영수증만 확보하면 누구나 쉽게 전자신고가 가능하고, 환급 가능성도 높기 때문에 불이익 없이 제대로 신고하는 것이 중요합니다.